El consejo posee 4 capítulos, cada uno de ellos dirigido por un presidente (el cual pasa a ser un vocal del comité ejecutivo) con su correspondiente directiva. Los capítulos actualmente son:
1. Capítulo de prevención cardiovascular en la infancia (Ver Comisión Directiva)
a. Presidenta: Dra. Angélica Grullón (R. Dominicana)
b. Vice-presidenta: Dra. Sandra Florez (Colombia)
c. Secretaria: Dra. Bárbara Wagmaister (Argentina)
2. Capítulo de Cardiopatías Congénitas del Adulto
a. Presidente: Dr. John Jairo Araujo (Colombia)
b. Vice-presidenta: Dra. Amalia Elizari (Argentina)
c. Secretaria: Dra. Judith Ackerman (Argentina)
3. Capítulo Cardiooncología Pediátrica
a. Presidente: Dr. Julio César Biancolini (Argentina)
b. Vice-Presidente: Dr. Andrés González (México)
4. Capítulo Falla Cardíaca e Hipertensión Pulmonar
a. Presidente: Dr. Manuel Huertas (Colombia)
En cada capítulo, participan representantes de todos los países americanos de modo que sean los referentes que transmitan y participen en los proyectos del consejo. Actualmente, cerca de 80 cardiólogos pediatras forman parte de alguno de los grupo de trabajo, lo cual ha permitido una representación de prácticamente todos los países de América.